Hoonah es la aldea principal de Huna, un grupo Tlingit que ha vivido en el Glacier Bay y el área de Icy Straip Point desde tiempos prehistóricos. Su nombre significa "pueblo en el acantilado" en la lengua tlingit. Cuenta la leyenda que un hogar original de los Huna en Glacier Bay que fue destruido por un avance glaciar, momento en el que muchos Huna se trasladaron a la ubicación de la actual Hoonah.
